Đã có nhiều tranh luận về nhóm động vật chân khớp nào có họ hàng gần gũi nhất với phân ngành Nhiều chân.[14] Theo giả thuyết Mandibulata, phân ngành Nhiều chân là nhóm chị em của nhánh Pancrustacea, một nhóm bao gồm phân ngành Crustacea (động vật giáp xác) và phân ngành Hexapoda (côn trùng và họ hàng gần của chúng). Theo giả thuyết Atelocerata, phân ngành Hexapoda là gần gũi nhất, trong khi theo giả thuyết Paradoxopoda, phân ngành Chelicerata (động vật chân kìm) là gần gũi nhất. Giả thuyết cuối cùng này, mặc dù được ủng hộ bởi một số ít người, được ủng hộ bởi một số nghiên cứu phân tử.[15] Một nghiên cứu năm 2020 đã tìm thấy nhiều đặc điểm của vùng mắt và vùng tiền thân cho thấy rằng họ hàng gần gũi nhất với các loài Nhiều chân trong nhóm Euthycarcinoidea đã tuyệt chủng.[16] Có bốn lớp Nhiều chân còn sinh tồn, Chilopoda (rết), Diplopoda (cuốn chiếu), Pauropoda và Symphyla, chứa tổng cộng khoảng 12.000 loài.[17] Trong khi mỗi nhóm các loài Nhiều chân được cho là những đơn ngành, mối quan hệ giữa chúng ít chắc chắn hơn.[18]

Rết

Rết tạo nên Lớp Chilopoda. Chúng là những tay săn mồi nhanh nhẹn và có nọc độc, chủ yếu săn vào ban đêm. Có khoảng 3.300 loài,[17] khác nhau, từ loài rết Nannarrup hoffmani nhỏ (chiều dài dưới 12 mm hoặc 1⁄2)[19] đến loài rết Scolopendra gigantea khổng lồ, có thể vượt quá 30 cm.

Cuốn chiếu

Cuốn chiếu tạo thành Lớp Diplopoda. Đa số các loài cuốn chiếu đều chậm hơn rết, và ăn các loại lá và mảnh vụn. Chúng được phân biệt bằng sự hợp nhất của từng cặp phân đoạn cơ thể thành một đơn vị, tạo ra vẻ bề ngoài có hai đôi chân trên mỗi phân đoạn. Khoảng 12.000 loài đã được mô tả, có thể đại diện cho ít hơn một phần mười của sự đa dạng thực vật toàn cầu của loài cuốn chiếu.[17] Chúng thường có từ 36 đến 400 chân. Một loài, Illacme plenipes, có 750 chân, số lượng chân nhiều nhất trong tất cả các loài động vật trên thế giới. Cuốn chiếu viên ngắn hơn nhiều, và có khả năng cuộn lại thành một quả bóng, giống như các loài Họ Armadillidiidae.

Symphyla

Khoảng 200 loài được biết đến trên khắp thế giới.[17] Chúng giống rết nhưng nhỏ hơn và có cơ thể trong suốt. Nhiều con dành cả cuộc đời của chúng sống dưới lòng đất, nhưng một số loài sống trên cây. Con non có sáu đôi chân, nhưng sau vài năm, mọc thêm một cặp chân sau mỗi lần lột xác cho đến khi chúng trưởng thành, và có mười hai đôi chân.[20]

Pauropoda

Lớp Pauropoda là một nhóm nhỏ gồm các loài Nhiều chân khác. Chúng thường dài 0,5 - 2.0 mm và sống trong lòng đất trên tất cả các lục địa ngoại trừ Nam Cực.[21] Hơn 700 loài đã được mô tả.[17] Chúng được cho là nhóm chị em của cuốn chiếu, và có các vây lưng được hợp nhất giữa các cặp phân đoạn, tương tự như sự hợp nhất hoàn toàn hơn của các phân đoạn được tìm thấy trong cuốn chiếu.[22]